Вообще, возникновение противофазы более вероятно при микрофонной записи, насколько я понимаю. Думаю, здесь необходимо проверять микрофоны (вплоть до их месторасположения). Если противофаза возникает при записи, предположим, гитары, то, наверное, надо проверять "шланги" и коммутацию. В любом...