Проблема давняя, но решения для себя так и не найдено. Суть в том, что при записи миди ноты записываются не ровно, в основном раньше чем звучат на самом деле в пределах 40 ms.
На сегодняшний момент перебробованы все из известных мне способов:
-включение/отключение в cubase midi stamp...