Все последующие обновления версий вы будете получать бесплатно. То есть 12 вас будет бесплатной. И 13, если будет.
Сама не обновится, конечно. Только вручную.
Новую версию(FL12) необходимо ставить в новую папку, а не в ту, где стоит FL11. Хотя, если вы удалите 11, то можно. Только не забудьте...