Если в FL выбран драйвер asio, то звук сразу идёт на карту. А в плеере скорее всего выбран "первичный звуковой драйвер" и звук проходит через драйвер звука windows, который может быть настроен как угодно(эквалайзер, компрессор и тп). Копайте настройки звука windows(если карта realtek, то там...