ТИут один чувак на форуме SOS посоветовал глянуть в меню File>Preferences>Transport на опцию "Always use midi clock start".
Под рукой синтов нет, проверить не на чем, но есть у меня странное подозрение, что это ОНО и есть.
Вечером проверю в студии, отпишу результат.