Лично у меня, когда в редакторе ставлю 2 одинаковых куска, начинающиеся с одного места - кусок звучит громче. Так что, полагаю лучший совет будет - убедиться что куски (аудиоклипы) абсолютно одинаковые, идут через один и тот же тракт обработки и начинаются с одной позиции в плэйлисте.
Часто...