Вообще-то я целенаправленно так делал, чтобы виделись и пробридженные, и непробридженные. Это чтобы можно было по ходу сборки проекта, в зависимости от ситуации пользоваться любыми вариантами плагинов. (Разве так нельзя?)
А папки у меня разные: VSTPlugins для plugin.dll и plugin.jbridge, и...