Лечится это вообще так:
В настройках Преференс - Аудио - Надо сбросить Recording Delay до 0.
Странно но в описании Logic а этот регулятор просят вообще не трогать ))) ну да ладно
Для уже отписанных записей:
Входим в Аудио редактор отписанной дорожки - Сверху по середине где две вкладки TRACK...