Всё будет грузится.
fixboot - Восстановление загрузочного сектора
fixmbr - Восстановление Master Boot Record
Консоль воостановления винды именно для ВОССТАНОВЛЕНИЯ и сделана.
З.Ы.: Для того, чтобы войти в SafeMode, надо, чтобы подхватился загрузчик винды. А он, вообще-то, затёрт...